Melatonina może również sprzyjać zachowaniu męskiej potencji. Zapobiega bowiem przerostowi prostaty, prowadzącemu do jej powiększenia. Prostata to mały gruczoł wielkości orzecha włoskiego, położony pomiędzy pęcherzem moczowym a członkiem, powyżej odbytnicy: wytwarza on płynne składniki nasienia, w którym zawieszone są plemniki. U ponad połowy mężczyzn w wieku powyżej pięćdziesięciu lat dochodzi do obrzęku i powiększenia prostaty. Powiększona prostata może utrudniać oddawanie moczu oraz wpływać niekorzystnie na sprawność seksualną. Chociaż mamy leki, które pomagają rozwiązać ten problem, to jednak co najmniej jedna dziesiąta mężczyzn wymaga w konsekwencji interwencji chirurga. Operacja może zaś doprowadzić do zaburzeń sprawności seksualnej. Jak sądzimy melatonina sprzyja utrzymywaniu prawidłowego stanu prostaty, dzięki temu zapobiega występowaniu tej powszechnej choroby. Proscar, jeden z leków stosowanych w leczeniu przerostu gruczołu, działa poprzez hamowanie enzymu (5-alfareduktazyl, który aktywizuje męski hormon płciowy, co prowadzi do przerostu komórek prostaty. Melatonina także hamuje wspomniany enzym, może więc również zapobiegać przerostowi komórek prostaty. I rzeczywiście, u myszy z usuniętą szyszynką prostata powiększa się, ale gdy tym samym zwierzętom podaje się suplement melatoniny, prostata powraca do pierwotnych rozmiarów. To kolejny dowód na korzystny wpływ melatoniny na prawidłowy stan prostaty.